>> окна не имеют права выскакивать на передний план сами, если это явно не обозначено событием

Абсолютно все можно. Gnome Shell как и KDE Plasma реализуют много чего сверх того что есть в Wayland/XDG-Shell для того чтобы пользователи имели доступ на компьютере как рабочему столу, а не к телефону. Например, окно можно создать set_minimized и это прописано в XDG Shell, другое дело что его по их же тексту пользователю нельзя развернуть обратно (???), зато можно сделать hide/show и оно отобразится без какого либо xdg-activation который придумали как раз ради того, чтобы вывести окно на передний план. Более того практическим всем GTK4/Adwaita приложениям насрать что у тебя фокус/ввод в другом окне, они просто нарисуются так как им удобно, поверх, рядом, на заднем плане, это всегда как бог даст от релиза к релизу (например федоры и версий пакетов в ней).